Le défrichement, la fragmentation et la destruction directe des habitats. C’est la première cause dans le monde.
Le prélèvement des ressources et la surexploitation des espèces (par exemple la surpêche).
L’introduction d’espèces exotiques envahissantes. C'est la première cause dans les milieux insulaires tropicaux.
Les pollutions des eaux, des sols et de l’air.
Le changement climatique.
La combinaison de ces différentes causes constitue généralement un facteur aggravant.